W opracowaniu przedstawiono aspekty zagrożeń i korzyści związanych z jakością mikrobiologiczną żywności funkcjonalnej. Zagrożenia bezpieczeństwa zdrowotnego związane są głównie ze wzbogacaniem żywności w składniki korzystne dla zdrowia, obniżaniem zawartości pewnych składników i modyfikacjami technologii w tym przede wszystkim utrwalania. Z drugiej strony grupa  produktów probiotycznych z dodatkiem kultur bakterii kwasu mlekowego, jest naturalnie utrwalona i bezpieczna dla zdrowia konsumenta, a dodatkowo wywołuje korzystne efekty, z punktu widzenia bezpieczeństwa mikrobiologicznego, w przewodzie pokarmowym człowieka.