Żywność funkcjonalna, otrzymywana przez wzbogacanie typowych wyrobów spożywczych, w biologicznie aktywne substancje albo łączenie składników zgodnie ze specjalnie zaprojektowanym składem odżywczym (designer food), ma za zadanie zapobiegać lub leczyć choroby cywilizacyjne. W organizmie człowieka, żywność funkcjonalna powinna, ulegać takim samym jak żywność tradycyjna procesom fizjologicznym, związanym z percepcją sensoryczną, jedzeniem, trawieniem, wchłanianiem i wykorzystaniem w procesach metabolicznych, nie zaburzonym wysoką zawartością biologicznie aktywnych substancji. Z punktu widzenia ekotrofologii, można zaakceptować tylko produkty spożywcze otrzymane z surowców naturalnych, nie poddawanych modyfikacjom genetycznym, bogatych w substancje biologicznie aktywne, a wzbogacane jedynie w probiotyki. Natomiast w przypadku żywności projektowanej, istnieje niebezpieczeństwo powstawania błędów żywieniowych prowadzących do chorób, podobnie jak to ma miejsce w przypadku tradycyjnej żywności o niezrównoważonej wartości odżywczej.