Mikroorganizmy znajdujące się na powierzchni owoców i warzyw pochodzą nie tylko ze środowiska naturalnego, ale również z każdego etapu łańcucha żywnościowego, jakiemu są one poddawane (przetwarzanie, pakowanie, transport). W zakładach przemysłowych mycie i dezynfekcja surowców przeznaczonych do bezpośredniego spożycia lub produkcji soków niepasteryzowanych jest zwykle jedynym etapem, w którym można zredukować liczbę mikroorganizmów zanieczyszczających i patogennych. Szczególną uwagę należy zwrócić na warzywa korzeniowe, ponieważ ich części jadalne mają bezpośredni kontakt z glebą, która jest siedliskiem wielu różnych grup drobnoustrojów. W przemyśle owocowo-warzywnym jako dezynfektant najczęściej stosuje się podchloryn sodu, który mimo wysokiej skuteczności ma też wiele wad: powoduje korozję urządzeń, niekorzystnie wpływa na wygląd, smak i zapach warzyw, przyczynia się do powstawania niebezpiecznych trihalometanów. W artykule przedstawiono alternatywne dla podchlorynu sodu substancje stosowane do dezynfekcji warzyw korzeniowych, głównie marchwi, jako ważnego surowca w polskim przemyśle sokowniczym. Przedstawiono przegląd literaturowy dotyczący takich związków, jak kwaśny chloryn sodu, dwutlenek chloru, nadtlenek wodoru, kwas nadoctowy, woda elektrolizowana i ozon. Przedstawiono ich właściwości przeciwdrobnoustrojowe wobec drożdży, pleśni, bakterii Gram-ujemnych i Gram-dodatnich, a także wady, zalety, mechanizm działania oraz wpływ na cechy sensoryczne i przedłużenie trwałości warzyw. Wśród opisanych dezynfektantów na uwagę zasługują woda elektrolizowana i kwaśny chloryn sodu ze względu na swą wysoką skuteczność działania oraz brak negatywnego wpływu na tkanki warzyw, środowisko i organizm człowieka.