W poszukiwaniu efektywnych źródeł żywności funkcjonalnej nie sposób pominąć żywności określanej mianem genetycznie modyfikowanej (GMF), otrzymanej z genetycznie modyfikowanych surowców. Wykorzystanie nowych technik inżynierii genetycznej wydaje się być najszybszą drogą do pozyskania żywności w pożądany sposób kształtującej wartość odżywczą i jakość zdrowotną diet. W produkcji żywności pochodzenia roślinnego przykładem pozytywnych rozwiązań jest eliminacja glutenu z ziarna pszenicy (ważna w przypadku osób z nietolerancją tego białka), modyfikacja zawartości aminokwasów ograniczających, redukcja solaniny w ziemniakach i wzrost zawartości karotenoidów. Podejmuje się również próby wykorzystania zwierząt jako swoistych bioreaktorów umożliwiających uzyskanie żywności funkcjonalnej, np. mleka o zmniejszonej alergenności (wskutek obniżenia zawartości β-laktoglobuliny) lub mleka zawierającego transgeniczne globuliny przeznaczonego dla pacjentów skazanych na częste i wysokie dawki antybiotyków.