Antybiotykooporność stała się jednym z głównych problemów dotyczących bezpieczeństwa zdrowia publicznego. Przez długi czas zjawisko oporności bakterii na antybiotyki wiązano jedynie z presją selekcyjną w środowisku szpitalnym. Dopiero wzrastająca wiedza na temat genetycznych podstaw oporności oraz mechanizmów, jakie towarzyszą jej przekazywaniu, ukierunkowała badaczy na kompleksowe spojrzenie w jej epidemiologię. Bakterie  fermentacji mlekowej (LAB) zostały uznane za bezpieczne ze statusem GRAS (Generally Recognized as Safe) i QPS (Qualified Presumption of Safety), nadanym przez władze FDA i EFSA. Jednakże badania ostatnich lat wskazują, że zarówno wśród szczepów wchodzących w skład kultur starterowych, jak i probiotycznych, występują także oporne na antybiotyki, które mogą przekazać tę oporność innym drobnoustrojom. Jeśli oporność ta jest cechą  wrodzoną, związaną z informacją zakodowaną w chromosomie, nie ma powodu do niepokoju. Niestety coraz  częściej obserwowane są szczepy z opornością tzw. nabytą na skutek mutacji punktowych lub transferu genów.  Oba te zjawiska prowadzą w konsekwencji do trwałego dziedziczenia oporności, a także do jej rozprzestrzeniania  drogą transferu horyzontalnego (HGT). Wskutek transferu w komórkach pojawiają się nowe geny oporności, przenoszone na ruchomych elementach genetycznych, takich jak plazmidy, transpozony, sekwencje  insercyjne. Coraz częściej pojawiają się niepokojące doniesienia wskazujące, że LAB, w tym szczepy probiotyczne,  wykazują oporność nabytą na coraz więcej grup antybiotyków, zwłaszcza na tetracykliny, makrolidy, glikopeptydy  czy amfenikole. U wielu z tych szczepów stwierdza się obecność determinant oporności na ruchomych elementach  genetycznych, a także potwierdza się ich zdolność do przekazywania genów na drodze HGT do innych bakterii, w  tym patogennych.