Wprowadzenie. Symulator ekosystemu drobnoustrojów jelitowych człowieka (SHIME®) służy do badania zachowania ludzkiego mikrobiomu w odpowiedzi na różne czynniki. Celem tego badania było jednoczesne zademonstrowanie zmian w mikrobiomie ludzkiego ochotnika oraz w systemie SHIME® w odpowiedzi na zmianę diety i terapii probiotycznej, z powodu niewielkiej liczby opublikowanych badań o podobnym projekcie.
Wyniki i wnioski. Terapia probiotykami spowodowała spadek poziomu insuliny i glukozy na czczo (odpowiednio o 18 % i 13 %), podczas gdy zwiększone spożycie błonnika w diecie eksperymentalnej wydawało się obniżać poziom trójglicerydów, cholesterolu całkowitego i LDL (o 27 %, 15 % i 14 % odpowiednio) we krwi ochotniczki. W związku z poprawą stanu metabolicznego ochotniczki zaobserwowano zmiany w jej mikrobiomie. Mianowicie poprawa homeostazy glukozy doprowadziła do pojawienia się w kale bakterii z rodzaju Akkermansia, natomiast poprawa homeostazy lipidów doprowadziła do wzrostu liczebności bakterii z rodzaju Bacteroides i Bifidobacterium (odpowiednio ok. 2 i 4-krotnego). Podczas gdy zmiany w różnorodności mikrobiomu w płynie luminalnym SHIME® (L-SHIME) i w kale były częściowo podobne, mikrobiom ściany jelita SHIME (M-SHIME) zachowywał się inaczej. Zarówno L, jak i M-SHIME charakteryzowały się mikrobiomem, który różnił się składem w porównaniu z mikrobiomem ochotnikczki w równoległych punktach pobierania próbek. Wyniki tego badania wskazują, że należy wprowadzić poprawki do standardowego protokołu eksperymentalnego SHIME®, aby umożliwić odwzorowanie różnorodności ludzkiego mikrobiomu i jego zmian w tym systemie.