W jelicie grubym człowieka występuje złożony ekosystem, składający się z ponad 1000 gatunków mikroorganizmów, które odgrywają bardzo ważną rolę w metabolizmie składników pokarmowych i zapewnieniu zdrowia człowieka. Wiele produktów tego metabolizmu może sprzyjać rozwojowi nowotworów jelita grubego. Główną rolę w tworzeniu związków karcynogennych odgrywają bakteryjne enzymy: β-glukuronidaza, β-glukozydaza, nitroreduktaza, 7-α-dehydroksylaza, β-galaktozydaza i azoreduktaza. Ich produktami mogą być groźne dla zdrowia człowieka: związki fenolowe i indolowe, aglikony flawonoidowe, barwniki azowe, fekapentaeny, estrogeny oraz drugorzędowe kwasy żółciowe.