Najistotniejsze zagrożenia zdrowotne w produkcji drobiarskiej związane są z zanieczyszczeniami mikrobiologicznymi (S. enteritidis, S. typhimurium, C. jejuni), pozostałościami zanieczyszczeń chemicznych i leków oraz zanieczyszczeń fizycznych. Podjęte w kraju programy zwalczania salmonellozy wywołują pozytywne zmiany. Nastąpił również wzrost popularności drobiu i jaj z ekologicznego chowu. Drób produkowany w systemie certyfikowanym typu „Label Rouge” odpowiada potrzebom klienta, z równoczesnym zagwarantowaniem iż specyficzne jego cechy są efektem proceduralnych metod ich uzyskiwania oraz urzędowego nadzoru. Regulacja jakości żywieniowej mięsa drobiu i jaj polega na wzroście udziału w lipidach tkankowych oraz w żółtkach jaj polienowych kwasów tłuszczowych ω(η)-3, w wyniku stosowania diety zawierającej nasiona lnu ora tłuszcze rybne oraz dodatkowo witaminę E. W wyniku selekcji genetycznej, strategii żywieniowej oraz użycia środków farmakologicznych można zredukować cholesterol żółtka do 30%. Przeprowadzone w ostatnich latach liczne badania żywieniowe nie potwierdzają zależ­ności pomiędzy wzrostem poziomu tej substancji w krwi a spożyciem kilku jaj dziennie.