Jakość higieniczna żywności może nam sugerować, że jest to żywność bezpieczna z punktu widzenia zdrowia konsumenta. Zagrożenia zdrowotne żywności wynikają w pierwszym rzędzie z występowania w żywności mikroorganizmów chorobotwórczych i ich metabolitów jak również wirusów, pasożytów oraz toksykogennych roślin i zwierząt. Stanowią one grupę zagrożeń pochodzenia biologicznego. Z czynników chemicznych wymienić można m.in. pozostałości pestycydów, pozostałości środków myjących, antybiotyki, metale ciężkie i niektóre dodatki, np. siarczyny. Czynniki fizyczne to fragmenty metali, szkła, drewna, kamieni, które mogą spowodować uszkodzenia mechaniczne przewodu pokarmowego konsumenta. Największe zagrożenie dla zdrowia stanowią w chwili obecnej czynniki biologiczne. Wynikać to może m.in. z faktu, iż zatrucia pokarmowe, bakteryjne czy wirusowe mają najczęściej przebieg ostry i są łatwiej spostrzegane. System HACCP opracowany został dla potrzeb zabezpieczenia zdrowotnego żywności przez zespoły specjalistów żywnościowych. Jest on z jednej strony rozwinięciem zasad dobrej praktyki produkcyjnej a z drugiej jest kompatybilny z normami ISO serii 9000.