Izolacja bakterii z danego środowiska może prowadzić do wielokrotnego pozyskania tego samego szczepu, co jest trudne do zweryfikowania tradycyjnymi metodami mikrobiologicznymi ze względu na ich niską siłę dyskryminacyjną. Dlatego do różnicowania szczepów Lactobacillus zastosowano metodę PFGE (Pulsed Field Gel Electrophoresis; elektroforeza w polu pulsowym) i enzymy restrykcyjne Sma I, Apa I i Not I. Zróżnicowano 12 izolatów Lactobacillus pochodzących z mleka acidofilnego, napojów probiotycznych, serów i kultur mleczarskich oraz 4 szczepy referencyjne należące do gatunków L. acidophilus, L. casei, L. delbrueckii subsp. bulgaricus i L. helveticus. Przy użyciu enzymów Sma I oraz Apa I uzyskano 14 różnych wzorów restrykcyjnych, a identycznymi genotypami charakteryzowały się szczepy L. acidophilus 145 i L. acidophilus A (wyizolowane z kultur mleczarskich) oraz L. acidophilus La5 i L. acidophilus DSM 20079 (odpowiednio z mleka acidofilnego i szczep referencyjny pochodzący od człowieka). Przy użyciu restryktazy Not I uzyskano jedynie 12 unikatowych wzorów restrykcyjnych, lecz nie udało się rozróżnić szczepów L. acidophilus DSM 20079, L. acidophilus La5, L. acidophilus Bs i L. acidophilus K1, pomimo, że ich profile PFGE po trawieniu Sma I i Apa I były odmienne. W grupie 12 badanych izolatów stwierdzono 10 oryginalnych szczepów. Najwyższą siłą dyskryminacyjną charakteryzowały się enzymy Sma I i Apa I, a uzyskane przy ich użyciu wyniki świadczą o różnorodności szczepów stosowanych w produkcji mleczarskiej.