Do zbadania stanów konformacyjnych helisy amylozy w obecności wody i różu bengalskiego zastosowano program do modelowania komputerowego HyperChem (Hypercube Inc., Waterloo Kanada). Badane struktury optymalizowano przy pomocy programu AMBER, wykorzystującego metody mechaniki molekularnej zmodyfikowanej dla węglowodanów. Pojedyncza lewoskrętna  spirala amylozy ma niższą energię niż prawoskrętna, podwójna antyrównoległa struktura złożona z dwóch lewoskrętnych spiral posiada najniższą energię w porównaniu z innymi konformacjami dupleksów, a interhelikalna stabilizacja zachodzi poprzez wiązanie wodorowe między atomami O(2 ) a O(6). Zbliżone wyniki podane powyżej otrzymano zarówno dla obliczeń in vacuo, jak i w obecności wody w układzie. W obecności wody znaleziono trzy miejsca na powierzchni helisy, gdzie następuje hydratracja, i są to miejsca przy atomach O(3), O(6 ) i HO(6). Doadanie barwnika, różu bengalskiego, do amylozy lokuje go w bruździe spirali poprzez oddziaływanie struktury ksantenowej z miejscami hydratacji, co może być opisane jako zaburzenie struktury wody wokół helisy amylozy.