W pracy określono wpływ składników biogennych, będących efektem działalności rolniczej, na jakość wód surowych pobieranych przez Zakłady Uzdatniania Wody Miejskiego Przedsiębiorstwa Wodociągów i Kanalizacji w Krakowie, w latach 2007 – 2011. W wodach z Rudawy, Zbiornika Dobczyckiego, Dłubni i Sanki oznaczono mętność oraz zawartość: azotu amonowego, azotanów(III), azotanów(V), azotu Kjeldahla, azotu ogólnego, fosforanów(V), fosforu ogólnego i chlorofilu a. Na podstawie wyników pięcioletnich badań stwierdzono występowanie statystyczne istotnych różnic (p < 0,05) pomiędzy wartościami średnimi wszystkich analizowanych wskaźników jakości wód surowych. Zawartości azotanów(V) i fosforanów(V), analizowane w odstępach miesięcznych w ciągu 60 miesięcy, umożliwiły wykreślenie trendów. Trend nieznacznie malejący i o niskich wartościach wystąpił w przypadku azotanów(V) zawartych w wodzie ze Zbiornika Dobczyckiego, a trend o stałych, lecz wyższych wartościach charakteryzował wody z Rudawy i z Dłubni. Największe wahania zawartości azotanów(V) stwierdzono w wodzie z Sanki, przy czym maksimum tego wskaźnika (34,91 mg·dm^-3) wystąpiło w 28. tygodniu badań. Z kolei średniomiesięczny poziom fosforanów(V) w wodach z analizowanych źródeł przez 26 tygodni badań sporadycznie przekraczał 0,29 mg·dm^-3. Zakłócenie tego trendu od 27. tygodnia badań skutkowało wysokimi współczynnikami zmienności, niezależnie od miejsca  pobrania wody. Największa zmienność dotyczyła zawartości fosforanów(V) w Zbiorniku Dobczyckim – Cv = 532 %, chociaż  w wartościach bezwzględnych maksymalna ich ilość w wodzie z tego źródła była i tak 2- lub 3-krotnie mniejsza od maksymalnych zawartości fosforanów w pozostałych wodach. Oceny stopnia eutrofizacji dokonano zgodnie z normami prawnymi na podstawie rocznych wskaźników biogennych. Największa średnioroczna zawartość azotu ogólnego (1,72 mg·dm-3) wystąpiła w wodzie z Rudawy w 2009 r. Także w wodzie z Rudawy (w 2007 r.) stwierdzono największą średnioroczną zawartość fosforu ogólnego (0,19 mg·dm^-3). Najwięcej chlorofilu a (3,26 µm·dm^-3) było w wodzie z Sanki w 2010 r. Żaden z powyższych wskaźników nie przekroczył poziomu normatywnego, powyżej  którego występuje eutrofizacja. Eutrofizację stwierdzono natomiast w wodach z rzek: Rudawy, Dłubni i Sanki, w których średnioroczne zawartości azotanów(V) były większe od wartości granicznej, czyli 10 mg·dm^-3. Pomimo wystąpienia eutrofizacji w trzech rzekach, wody surowe nie kwalifikowały się do zagrożonych zanieczyszczeniem związkami azotu ze źródeł rolniczych, gdyż w żadnej z próbek zawartość azotanów(V) nie przekroczyła limitu 40 – 50 mg NO₃·dm^-3 , określonego w rozporządzeniu Ministra Środowiska.