Mięso i przetwory mięsne, wnosząc do diety właściwości odżywcze i funkcjonalne, mogą być równocześnie przyczyną chorób cywilizacyjnych. Do podstawowych chorób cywilizacyjnych należy zaliczyć: otyłość, nadciśnienie tętnicze, chorobę wieńcową i wrzodową, schorzenia alergiczne. Otyłości nie należy rozpatrywać jako następstwa jedzenia mięsa lub małej aktywności fizycznej, chociaż są to czynniki sprzyjające powstaniu tego schorzenia. Ostatnio pojawiają się doniesienia naukowe sugerujące, że za otyłość odpowiadają bakterie żyjące w jelicie cienkim, szczególnie dwie grupy – Bacteroidetes i Firmicutes. U osób otyłych w przewadze występują bakterie z grupy Firmicutes. Zagrożeniem drugiej połowy XX w. okazały się tzw. choroby prionowe oraz skażenia truciznami. W organizmach ludzi i zwierząt diagnozuje się obecność około pięćdziesięciu trucizn, w tym piętnastu dioksyn i furanów. Obróbka termiczna i długoterminowe przechowywanie źle zabezpieczonych produktów mięsnych sprzyjają utlenianiu zawartych w nich nienasyconych kwasów tłuszczowych, co zmniejsza ich przydatność do spożycia. Stosowanie soli do konserwowania i poprawy smakowitości mięsa może być szkodliwe dla organizmu. Azotany używane do peklowania mięsa, a szczególnie powstające w trakcie obróbki termicznej nitrozoaminy przekształcają hemoglobinę w methemoglobinę, co powoduje zaburzenia w układzie krążenia u ludzi. Związki te przyczyniają się do powstawania chorób nowotworowych. Obróbka termiczna mięsa, szczególnie w wysokiej temperaturze sprzyja powstawaniu związków o działaniu kancerogennym, takich jak aminy heterocykliczne i wielopierścieniowe węglowodory aromatyczne. Najwyższe koncentracje związków o działaniu kancerogennym wykrywane są w produktach mięsnych przypalonych w czasie smażenia lub pieczenia. Problemem jest skażenie mięsa wirusami, bakteriami oraz pasożytami, które mogą być dla człowieka przyczyną chorób odzwierzęcych. Choroby pasożytnicze (włośnica, toksoplazmoza, tasiemczyca) stanowią w dalszym ciągu duży problem epidemiologiczny. Coraz częściej reakcją organizmu człowieka na występujące w mięsie i wyrobach mięsnych związki są alergie.